Depuis des siècles, les ninjas forment l'élite des guerriers. Ce sont de redoutables assassins aux talents et à la précision hors pair. Seuls les candidats les plus puissants se voient proposer l'immense privilège de rejoindre un clan. L'épreuve qui conclut l'entraînement d'un ninja consiste à affronter en duel un maître ninja. Des années durant, Yaiba incarna ce ninja ultime. Mais un jour, lassé de devoir servir un clan mené par un chef faible et lâche, il décida de mettre un terme à cette humiliation. Il lui sembla tout naturel de prendre le pouvoir, puisque ses camarades n'en avaient cure. Parmi ce groupe de pleutres, le " légendaire " Ryu Hayabusa était aux yeux de Yaiba le moins courageux de tous. Quinze cadavres de ninjas plus tard, Yaiba se retrouvait enfin face au parangon de l'honnêteté. Une bataille sans merci s'engagea alors et lorsqu'elle prit fin, il sembla à tous que Ryu Hayabusa en était sorti vainqueur... Mais ce n'est que le début de l'histoire... Ce qu'Hayabusa, armé de l'épée du Dragon, avait volé à Yaiba, son oeil, son bras et même sa vie, la technologie le lui rendit. Grâce à de mystérieux bienfaiteurs, Yaiba est ainsi revenu à la vie, plus furieux que jamais et entend se venger... Seulement, voilà, une épidémie de zombies menace de plonger le monde dans le chaos le plus absolu. Armé d'une technologie de pointe, il doit désormais se tailler un chemin à travers des légions d'ignobles morts-vivants pour retrouver la trace de Ryu Hayabusa. Son ennemi juré étant engagé dans une course contre la montre pour découvrir la source de l'épidémie, Yaiba se retrouve lui-même contraint de semer la destruction dans son sillage pour assouvir sa vengeance.